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2019级硕士生王亚威同学科研论文被中科院一区期刊录用

发布时间:2021-10-19点击:

我院李向涛教授指导的2019级硕士研究生王亚威同学的论文EDCNN: Identification of Genome-Wide RNA-binding Proteins Using Evolutionary Deep Convolutional Neural Network近日被 Bioinformatics杂志接收。BioinformaticsOxford Academic出版社旗下数学与计算生物学的中科院一区期刊,也是生物信息学的顶级杂志,SCI IF2020=6.937

本文提出了进化深度卷积神经网络(EDCNN),通过协同进化优化与梯度下降来增强传统深度卷积神经网络性能,以识别蛋白质-线性RNA结合位点EDCNN是以互补的方式结合了进化算法和不同的梯度下降模型,其中梯度下降和进化优化可以交替优化RNA结合事件搜索。为了验证EDCNN的性能,在174CLIP-seq数据集中进行分析,结果显示EDCNN的性能优于其他方法。此外,时间复杂性分析、参数分析和Motif分析,也从多个角度证明了我们提出算法的有效性。本工作是结合进化计算和生物信息学等多学科交叉的优势共同完成,主要合作者为香港城市大学的Ka-chun Wong教授。