我院准聘教授李向涛以第一作者发表论文Identification of Pan-cancer Ras Pathway Activation with Deep Learning近日被Briefings in Bioinformatics杂志接收。Briefings in Bioinformatic 是Oxford Academic出版社旗下的生物信息学和计算生物学领域的顶级杂志,中科院一区TOP期刊,SCI IF(2020)=8.99。
文章提出融合群体智能算法和随机梯度下降法优化深度神经网络模型,算法在随机梯度下降步骤和进化步骤之间交替进行形成互补算法,从而提高深度神经网络模型性能。并将提出算法用于检测癌症基因组图谱中激活的Ras信号通路,为针对该通路的特定治疗靶点的药物研发提供可能性。本工作是结合群体智能,生物信息学,医学等多学科交叉的优势共同完成。主要合作者为香港城市大学的Ka-chun Wong教授。